D'après l'arrêté du ministre de l’enseignement supérieur de la recherche scientifique et de la technologie 3 septembre 2014, fixant la liste des départements dans les instituts supérieurs des études technologiques. Les départements de l'ISET de Tataouine sont 5 :
Département de Génie Mécanique.
Département des Sciences Economiques et Gestion.
Département de Technologie de l’Informatique.
Département de Génie Civil.
Département de Génie Thermique et Energies Renouvelables.